Od 1 września 1999 roku, zgodnie z założeniami reformy oświatowej, rozpoczęło działalność Gimnazjum nr 2 w Międzychodzie. Siedzibą szkoły stał się trzykondygnacyjny budynek przy ulicy Gorzyckiej 1 w Międzychodzie, dzielony wspólnie ze Szkołą Podstawową nr 2. Pierwotne plany budowy nowego budynku na potrzeby gimnazjum nigdy nie zostały zrealizowane. Mimo, iż szkoła podstawowa i gimnazjum mieszczą się w jednym budynku, wydzielone skrzydła z osobnymi wejściami pozwalają zachować odrębność obu placówek. Wspólne pozostaje boisko szkolne.
Po 10 latach mury naszej szkoły opuściło 842 absolwentów. Kontynuowali oni naukę w różnych szkołach, wielu z nich i tam odnosiło sukcesy naukowe i sportowe.
Od początku swojego istnienia szkoła dbała o wszechstronny rozwój swoich uczniów, nie tylko zapewniając wysoki poziom zajęć edukacyjnych, ale i zajęć pozalekcyjnych. Jednym z elementów wychowania młodzieży był ich rozwój kulturalny. Wychowawcy organizowali wyjazdy do teatru, opery, kina. Klasy wyjeżdżały na wycieczki krajoznawcze, po najbliższej okolicy i w dalsze rejony kraju, poznawali uroki Podhala w ramach „zielonej szkoły”. Realizując edukację europejską, w maju 2002 uczniowie uczestniczyli w wycieczce zagranicznej do Wiednia, Budapesztu i Pragi, wyjeżdżali do Berlina.
Do tradycji szkoły wpisały się międzyszkolne imprezy: Mikołajkowy Turniej Wiedzy
(od 1999), Skok w Gimnazjalny Rok (od 2000), Rajd Pieczonego Ziemniaka „PYRA” (od 1999).
Kalendarz szkolnych konkursów budowany był wspólnie z uczniami, zgodnie z ich sugestiami i zainteresowaniami. Stąd na stałe swoje miejsce znalazły w szkole konkursy: recytatorskie, w tym corocznie od 1999 organizowany etap rejonowy konkursu wojewódzkiego, recytatorski o tematyce sportowej, literackie, fotograficzne, konkursy gier komputerowych, szaradzisty, bezpieczeństwa w ruchu drogowym, wiedzy o parkach krajobrazowych, konkursy przedmiotowe dla każdego poziomu klas.
Swoich sił próbowali w konkursach wieloetapowych na poziomie powiatu, rejonu, województwa, kraju a nawet międzynarodowych. W tych ostatnich swojej wiedzy i umiejętności dowodzili uzdolnieni matematycy.
Sukcesami na etapie wojewódzkim, a nawet ogólnopolskim kończyły się starty gimnazjalistów w konkursach: Poznajemy Parki Krajobrazowe Wielkopolski, Wiedzy o Bezpieczeństwie w Ruchu Drogowym. Krystian Hausmann, Piotr Jagodziński i Joanna Flens byli finalistami wojewódzkich konkursów przedmiotowych z geografii i historii. Gimnazjaliści brali udział w finałach wojewódzkich konkursów recytatorskich, ogólnopolskim konkursie literackim „Woda, życie, energia”. Wywalczyli też mandat posłów na Sejm Dzieci i Młodzieży w Warszawie.
Nad rozwojem talentów swoich uczniów czuwają też nauczyciele wychowania fizycznego.
Z inicjatywy p. Jacka Cejby powstał klub sportowy UKS Mikst Międzychód, w którym adepci koszykówki nabywali umiejętności, pozwalające odnosić im sukcesy nie tylko w powiecie, ale w województwie a nawet kraju.
Wysiłek nauczycieli, wspieranych przez rodziców i właściwa organizacja procesu dydaktyczno-wychowawczego pozwalają uczniom nabywać wiedzę i umiejętności, dające pozytywne efekty na obecnym etapie nauki jak i umożliwiające ich dalszy rozwój. Temu przez 10 lat podporządkowana była działalność Gimnazjum nr 2 w Międzychodzie i temu służyć będzie nadal.